Škola byla otevřena v roce 1975 jako spojené zařízení jeslí a mateřské školy, původně sloužící především dětem zaměstnanců VCHZ Semtín. Už tehdy se stala důležitou součástí života sídliště. O jedenáct let později, v roce 1986, došlo k uzavření jeslí – a zároveň k začátku jedinečné etapy jejího působení.

Ve spolupráci s městem Pardubice zde byla zřízena tzv. „oční třída“ – specializované oddělení pro děti se zrakovými vadami, které funguje dodnes jako jediné svého druhu v celém kraji. Dětem se zde věnuje odborně vyškolená zdravotní sestra, která za pomoci speciálních přístrojů každý den koriguje zrakové vady, především strabismus (šilhání) a amblyopii (tupozrakost). Tato péče je nenahraditelná – a zároveň citlivě integrována do běžného školkového dne, plného her, zpěvu a poznávání.

MŠ Stonožka však nestojí pouze na svém výjimečném zaměření – i její prostředí odpovídá nárokům současného předškolního vzdělávání. V roce 2011 prošel hlavní patrový pavilon i přízemní pavilon školky rozsáhlou rekonstrukcí a modernizací interiéru. V roce 2017 se proměnila i školní kuchyně a od roku 2020 probíhá postupná modernizace zázemí v hospodářském pavilonu.

Mateřská škola Stonožka je tak dnes moderním a zároveň lidsky blízkým místem, kde se dětem nejen líbí, ale kde se jim také dostává nadstandardní péče, kterou jinde nenajdou. Pardubice mohou být právem hrdé, že právě zde vzniklo zařízení, které pomáhá dětem vidět svět ostřeji – a nejen očima.